La JUB disposera d’un centre de médiation et d’arbitrage en matière de brevets, dont les sièges seront à Lisbonne et à Ljubljana. Ce centre offre un soutien dans le règlement des litiges en matière de brevets européens «classiques» et de brevets unitaires.
La Juridiction peut étudier avec les parties la possibilité de parvenir à un règlement en recourant aux voies du centre de médiation et d’arbitrage en matière de brevets.
Le centre dispose de son propre règlement de procédure.